Además de conocer ya el rival al que el Cádiz tendrá que enfrentarse en la eliminatoria de campeones, el resto de equipos también conocen sus enfrentamientos. También se han sorteado en la tarde de hoy en las Rozas, donde se encuentra la sede de la Real Federación Española de Fútbol.
Los equipos segundos, terceros y cuartos de cada grupo se enfrentarán entre sí para así quedar seis equipos. A esos seis se les unirán los dos perdedores de la eliminatoria de campeones para completar las dos eliminatorias siguientes hasta quedar dos equipos, que acompañarán en el ascenso a los dos campeones de la eliminatoria de los primeros de grupo.
Eliminatoria de campeones
Los vencedores ascenderán a Segunda División y se enfrentarán luego entre ellos para decidir el campeón de Segunda B. Los perdedores pasarán a la segunda fase.
Ida: 16/17 de Mayo Vuelta: 23/24 de Mayo
| Cádiz | Real Unión |
| Cartagena | Alcoyano |
1ª Eliminatoria
Jugarán los segundos contra los cuartos de cada grupo y los terceros se enfrentarán entre sí. Los ganadores pasan a la siguiente eliminatoria y los perdedores quedarán eliminados.
Ida: 16/17 de Mayo Vuelta: 23/24 de Mayo
| Sabadell | C. Leonesa |
| Leganés | Real Jaén |
| Marbella | Lorca |
| Zamora | Villarreal B |
| Sant Andreu | Alcorcón |
| P. Ejido | Ponferradina |
